
O vírus triplicou suas habilidades humanas(velocidade, força e sentidos), tornando-o um ser acima de qualquer outro humano. Wesker pretende agora agir nas sombras e arquitetar um novo plano para superar a Umbrella e se vingar de Chris e Jill, uma vez que ambos destruíram o Tyrant, a grande pesquisa de Wesker.
Meses depois, ele lidera um ataque contra a ilha Rockfort, atrás de Alexia Ashford, pois em seu corpo se encontra o T-Verônica Virus, o qual Wesker tinha grande interesse. Por ironia do destino, lá ele encontra com seu arquinimigo, Chris Redfield, que estava numa missão de busca pela sua irmã. Os dois travam uma épica luta, onde Wesker usa força extrema contra Chris, mas ambos acabam se separando, e Wesker foge em um submarino.
Em 2003, Wesker seria o principal responsável pela queda da Umbrella, quando ele consegue desligar a Red Queen, e ainda copiar todas as informações sobre a empresa, tomando todos os dados para si.
Em 2004, Wesker envia a espiã Ada Wong para um vilarejo Europeu com a missão de roubar de uma seita religiosa uma amostra da La Plaga, e obteve com sucesso. Wesker foi o responsável por duas mortes em 2006, quando assassinou Ozwell E.Spencer, um dos membros mais importantes da antiga Umbrella, e Jill Valentine, que se jogou de um penhasco agarrada a Wesker(Entretanto, nenhum dos dois morreram, pois Wesker protegeu Jill e a levou consigo, tentando trasformá-la em um ser bastante poderoso).
Depois de anos trabalhando, Wesker tem uma nova meta: Infectar todo o mundo com sua nova arma, o Uroboros, criando assim uma nova seleção natural e se tornando um deus. Durante a missão de Chris Redfield na África, ele se encontra novamente com Wesker, e descobre que sua amiga Jill não estava morta, mas que agora é uma grande aliada de Wesker. O rapaz toma conhecimento de que Jill estava sendo controlada por Albert Wesker através de um mecanismo preso em seu tórax, e Chris consegue removê-lo. Ambos seguem caminhos opostos, Chris persegue Wesker, enquanto Jill procura um meio de sair do local. No embate final entre Chris e Wesker, o vilão decide se infectar com o Uroboros, tornando um ser muito mais poderoso do que era. Chris e sua nova parceira Sheva consegue derrotar Wesker, que é finalmente morto. Também em RE5, Spencer,antes de ser morto, revela que Wesker fora "produzido" pela Umbrella
Nos FilmesO vilão também se mostra presente nos filmes, representando mais uma vez a grande ameaça.Ele esteve presente em Resident Evil Extinction e em Resident Evil Afterlife. O personagem é interpretado por Shawn Roberts.
Nos Livros
Wesker aparece no primeiro livro(RE-Conspiração Umbrella), e no sexto livro(RE-Code:Veronica)